O programa interlaboratorial promove a distribuição de amostras idênticas a um grupo de laboratórios inscritos com o objetivo de fazer comparações de resultados. Após um tratamento estatístico, cada laboratório recebe um relatório contendo as performances de seus resultados e resumo com os resultados dos demais participantes, porém sem identificações dos mesmos, dessa forma, é possível avaliar o seu desempenho e tomar as ações de melhorias necessárias. O programa é realizado pela PROAGUA AMBIENTAL em parceria com a Associação Brasileira de Engenharia Sanitária e Ambiental - ABES - Subseção Franca.